Spielmeyer-Vogts sygdom diagnosticeres ved en kombination af flere forskellige undersøgelser. De enkelte faktorer hver for sig forekommer også ved andre sygdomme, men kombinationen af faktorer er karakteristisk for Spielmeyer-Vogts sygdom. De enkelte faktorer forud for diagnosticeringen udgøres af:

1. Synsnedsættelsen

Det tidligste symptom er synsnedsættelse, som optræder i 5-8 års alderen. Øjenlægen kan konstatere ødelæggelse af det lysopfattende væv og stærk nedsættelse af blodforsyningen til den indre del af øjet. Da nethinden (som opfatter lyspåvirkninger) er en fremskudt og meget følsom del af hjernen, optræder skaderne først her. Skaden breder sig, så barnet først mister centralsynet. Barnet lærer meget hurtigt at bruge de mere perifere dele af synet og vender hovedet til siden (evt. opad/nedad), så lyset falder på de endnu funktionsdygtige dele af nethinden. Barnet kigger ud af siden af øjet i et til flere år, før synet i realiteten er borte. Barnet retter derefter ansigtet fremad igen, det er blindt, men kan i mange år have lyssans.

2. Vakuoliserede lymfocytter / elektronmikroskopi

Lymfocytter er en særlig type hvide blodlegemer. I disse kan der optræde blærer eller vakuoler. De vakuoliserede lymfocytter afsløres ved mikroskopering af en blodprøve. Vakuolerne i lymfocytterne ses som lyse runde pletter. De kan hos Spielmeyer-børn optræde i 10-30% af lymfocytter. Blærerne er rester af lysosomer, der svulmede op på grund af ophobede affaldsstoffer. Ved elektronmikroskopi af celler fra endetarmen, hud eller øjets bindehinde kan der ses karakteristiske "fingerprint" mønstre.

3. Gendiagnosticering

I de fleste tilfælde, men ikke alle, kan diagnosen bekræftes ved at undersøge om genet, der er normalt hos raske mennesker, er ødelagt. Denne metode kan også i de fleste tilfælde benyttes til at afgøre, om raske familiemedlemmer er anlægsbærere, samt til prænatal diagnostik via fostervandsprøver, blodprøver osv.